Также эффект Доплера у магнитного поля имеется? 
Эффект Доплера бывает для волн. В частности- электромагнитных. Говорить об эффекте Доплера для магнитного поля бессмысленно. 
Т.е. относительно ракеты электроны сильнее отталкиваются, а относительно лаборатории медление отталкиваюся относительно отсутствующего того когда магнитное поле "отсутствует"
Просто запишите уравнения движения двух электронов в ракете, а потом сделайте преобразование Лоренца. Тогда выражения типа "отталкиваются быстрее/сильнее относительно ч-л"  сами отпадут.