Я долго мучился с этой проблемой. Переписывал русские тексты в Corel Draw. А потом случайно наткнулся на решение: нужно установить значение 'zbuffer' для свойства картинки (figure) 'Renderer'. Сделать это можно, например, так:
1) нарисовать график в матлабе;
2) написать в командном окне или в m-файле
set(gcf, 'Renderer', 'zbuffer');
3) сохранить результат в eps-файле, например так:
saveas(gcf, 'myfile','epsc');
И вся кириллица отлично читается!
В принципе вопрос даже не в кириллице. Большинство внешних программ используют не ТеХовские шрифты и причем других размеров. Существуют различные способы борьбы с этим. Самый лучший: когда эти программы создают "таблицы", которые затем используются ТеХовской рисовалкой. Например, pgf/tikz может саже "командовать" gnuplot. И gnuplot, asymptote, geogebra имеют экспорт в pgf/tikz. Кстати, octave может экспортировать в gnuplot, а тот в pgf/tikz.