Кажется понял. Эти ограничения имеются в старых версиях Математики (до 5.2). Так
ListPlot3D[{{-2, -1, -5.1}, {-1, -1, -3.2}, {-1, -2, -2.9}, {1, 1, 3.1}, {1, 2, 3.9}, {2, 1, 5.2}}]
строит совсем не то, что надо. Тогда ладно, обойдемся пока без графика.
Я конечно точно не помню уже, что было в прошлых версиях, а чего там не было. Можно попробовать еще комбинацию методов Graphics3D и Point.