Цитата:
А я бы соединил бы точки пружинками с жесткостью зависящей от потенциала... :)
Очень правильно. Это примерно эквивалентно методу тяжёлого шарика.
Цитата:
У Вас нет метода поиска минимума. Надо написать такой метод. Сначала.
Ну, можно и не писать, а взять готовый метод, например, в МатЛабе. Там как раз есть демо-пример с атомами. Градиентный метод сходится медленно. Если будете сами программировать, то уж лучше метод Ньютона. Причём запускайте его многократно с разных начальных точек, чтобы найти побольше локальных минимумов.