Жёсткие диски раскручиваются бешеными пропеллерными темпами

[мат-ламер]

Не юзал Линукс, но может надо вручную установить, какой размер оперативной памяти постоянно занимает ОС (подразумевается, что остальная часть ОС свопится на диск). Возможно вручную надо установить размер кэш-памяти.