Ну тупо пройдитесь в цикле. Типа:
function ii=maxindex(y)
% Возвращает индексы локальных максимумов
n=length(y);
if y(1)>=y(2), ii=1; else, ii=[]; end;
for k=2:n-1
if (y(k)>=y(k-1)) & (y(k)>=y(k+1)), ii=[ii, k]; end
end
if y(n)>=y(n-1), ii=[ii, n]; end;
Или для оптимизации можно попытаться поиграться сравнением сдвинутых массивов, но лень думать, да и в последних версиях Матлаба оператор цикла, наверное, уже достаточно оптимизирован.
А готовой функции мне не попадалось.