В MathType:
1) Выполнить "convert equations" - все уравнения equation 3.1 превратятся в mathtype
2) В самом редакторе в style-define и size-define выставить требуемые параметры, проследить наличие птички "use for new equations"
3) Выполнить "format equations"
И если надо всё же в MS Equation (например у меня в инсте редакция требует чтобы статьи были в формате doc с формулами в MS Equation 3.1

) - использовать
GrindEQ для обратного преобразования