2
mycodingЧитать файл по два байта можно примерно так (не проверял

):
Код:
unsigned short x;
HANDLE File=CreateFile
(
"my.bin",
GENERIC_READ,
0,
NULL,
OPEN_EXISTING,
0,
NULL
);
while(ReadFile(File, &x, 2, NULL, NULL)) counter[x]++;
CloseHandle(File);
Кстати, что такое шестнадцатеричное число? Вот
meduza предположил, что вам нужно на самом деле подсчитать частоты 16-ти битных (aka 2-х байтных) чисел. Уточните постановку задачи.