, т.к. загвоздка именно с этим: не совсем понимаю как связать граничные условия с составлением СЛАУ?
Дело в том, что система линейных уравнений, которую Вы выписали -- недоопределена. Количество уравнений (т.е. количество внутренних узлов) меньше, чем количество неизвестных (узловых значений вообще, в т.ч. и граничных). Но вот если Вы жёстко предпишете граничным узлам значения, получающиеся из граничных условий -- всё станет тип-топ.