Менять кодировку и переделывать их под LaTex не предлагать - очень это муторно и много работы.
Переделывание кодировки в любом числе файлов в никсах делается в одну строчку. Но вот насчет переделывания под LaTeX - не уверен, насколько там сложно, но, вполне возможно, тоже автозамена справится.
З.Ы. По теме: Скажите, а первая же ссылка в гугле Вас не устраивает?
http://www.projectory.de/texshell/