Это строение кристаллической решетки
(Оффтоп)

а если вместе с кристаллами есть включения аморфные или жидкие(клатраты), вы кристалл из пластилина склеите?

Правильны й ответ см. там
строение минерала определяется его онтологией. У геологов кстати, есть специальные многотомные справочники определители минералов