36.6

Плюс · 14/03/08 ∞ 209 Новосибирск

sliwer писал(а):

У кошек в заднице мериют, про остальных не знаю.

У англичан тоже в заднице температуру мериют. У англичанок, извините, тоже там же.

2w_ink · 20/11/08 2763 RF, Moskow

Vladimirkox в сообщении #197682 писал(а):

Попытаюсь. Клеточная цитоплазма

сорри, но попытка не засчитана. и вот почему - согласно современным представлениям все биохимические процессы в живой клетке протекают в условиях молекулярного краудинга:
Все биохимические процессы в клетке протекают в высоко концентрированной среде, содержащей белки, нуклеиновые кислоты, полисахариды и низкомолекулярные соединения. В совокупности концентрация макромолекул достигает величины 50–400 мг/мл,
при этом молекулы занимают значительную часть объема среды – до
40%. Подобные условия в клетке обозначаются как «молекулярный
краудинг» (crowding – столпотвотрение)

Vladimirkox в сообщении #197682 писал(а):

модель воды

- ... основывается на стандартных понятиях гидратации и гидродинамики, с поправкой на термодинамику.
не надо изобретать никакой "числомолотилки", которую в последствии сами объяснить не сможете. и тем паче предложить эксперимент по результатам которого мы могли бы судить о правомочности задуманной вами "модели воды".

Vladimirkox · 21/07/08 595

Цитата:

сорри, но попытка не засчитана. и вот почему - согласно современным представлениям все биохимические процессы в живой клетке протекают в условиях молекулярного краудинга

Дык, я и не спорю с этим. Даже маленькую иллюстрацию позволю себе привести.
Молярная концентрация воды 55,5(5)
Молярная концентрация хлорида натрия в физ.растворе 0,154
Делим первое на второе, извлекаем кубический корень и получаем

Добавлено спустя 10 секунд:

Добавлено спустя 5 минут 35 секунд:

растояние между ионами натрия в "водных слоях" = 7,11
Добавим хлорид (пусть он расположен на прямой соединяющей ионы натрия, чтоб энергия системы была минимальной) = 3,5593
-----------------------------------------------------------------------------------------
Вокруг иона сольватная оболочка (примерно два слоя) - что же остается для растворения всяких глюкоз и альбуминов ?
И во всем этом, массоперенос приходится считать (между ферментом-источником и ферментом-стоком) приравнивая раствор к идеальному газу :oops:

.

2w_ink · 20/11/08 2763 RF, Moskow

Vladimirkox в сообщении #197742 писал(а):

растояние между ионами натрия в "водных слоях" = 7,11

в структурной химии клетки молекулярно-динамические взаимодействия натрий-альбумин самосогласуются с образованием сложного иона и с их участием в образовании агрегированных частиц.
считается, что не имеет никакого смысла рассматривать отдельные ионы, надо сосредоточится на детальному анализе микроскопических
свойств и взаимодействий растворитель - растворитель, ион - ион, ион - растворитель.
вы в итоге, что хотите доказать или опровергнуть?

Vladimirkox · 21/07/08 595

Цитата:

вы в итоге, что хотите доказать или опровергнуть?

Во всеобсчем масштабе, это
http://forum.neuroscience.ru/showthread.php?t=2160
В частности - см. рис. в последнем посте на второй стр.этой темы.

Суть. В последействии генерации ПД должно быть два процесса:
градуальный - типа, спонтанного дефосфорилирования (реакция нулевого порядка?), который обеспечивает оптическую изомеризацию гексозы связанной в ферментативном центре; и квантованный, опосредованный изменением структуры водных кластеров при проникновении натрия в цитоплазму, который понуждает встраивать в структуру олигосахарида тот оптический изомер гексозы, который в данный момент времени находится в ферментативном центре.

Хотса, найти способ перикодировки ВППД в структуру макромолекул, без потери инфы.

2w_ink · 20/11/08 2763 RF, Moskow

Vladimirkox в сообщении #197813 писал(а):

Во всеобсчем масштабе

...

ничего не объясняет, куда(?) может быть практический выход и кому это надо кроме вас?

Vladimirkox в сообщении #197813 писал(а):

а, найти способ перикодировки ВППД в структуру макромолекул, без потери инфы.

вызванные потенциалы по-вашему перекодируются в макромолекулы? господь с вами, но выходит, вы допускаете что искусственное функциональное возмущение способно каким-то образом разложиться в клетке на решения хим структур ... нет, в природе конечно все запутано, но чтобы с вашим допущением считаться, придется потребовать от вас представить полную модель на каких событиях в клетке мы можем увидеть специфику заявленную вами.

Vladimirkox · 21/07/08 595

Во-первых, в биологически обусловленную модель нейронной сети введено (Vadim, он же один из авторов фундаментального руководства по нейронаукам) понятие «киберген», вот и попытался найти биологическую обусловленность этого понятия.
Во-вторых, если функциональная нагрузка на мембранные карбогидраты сопоставима с из информационной емкостью, то неплохо бы её - выяснить. Шесть оптических изомеров*6 реакционноспособных связей**150 мономерных остатков на натриевом канале, в частности, = очень много, сопоставимо с информационной емкостью ДНК, что из этого можно вытянуть – пока не знаю.

Добавлено спустя 1 минуту 47 секунд:

Лично мне интересно, какие изменения в них происходят при онкотрансформации клетки, и как эти изменения влияют на противоопухолевый иммунный ответ (может гаптены какие отламываются, при спонтанном гидролизе). Онкологами долго муссировалась идея о том, что на клеточной мембране должны существовать маркеры, отражающие функциональное состояние клетки, т.е. интенсивность метаболических потоков.

Цитата:

вызванные потенциалы по-вашему перекодируются в макромолекулы?

О вызванных потенциалах я не упоминал. ВППД – это временная последовательность потенциалов действия.

Цитата:

полную модель на каких событиях в клетке мы можем увидеть специфику заявленную вами

Циклы реверберации

Добавлено спустя 2 минуты 11 секунд:

http://forum.neuroscience.ru/showthread ... 409&page=9 пост#82
http://forum.neuroscience.ru/showthread ... 41&page=27 пост#270
приводят к генерации специфических ВППД нейронами, а это приводит к появлению новых антигенных детерминант на его мембране. Как сработать, на верификацию гипотезы, без изделия http://forum.neuroscience.ru/showthread ... 160&page=2 пост#14 на клеточном уровне – ума не приложу, может, кто умней объявится и пояснит.
На организменном уровне – похоже, что при шизофрении синтезируются аутоиммунные агглютинирующие антитела с психотропными эффектами.
Процедура стандартная – перенос феномена агентом определенной природы.

Добавлено спустя 1 минуту 37 секунд:

В данном случае, моноклональными антителами, конкурирующими по антигенной специфичности с аутоантителами больных, при наличии у последних специфичности к углеводной компоненте плазматической мембраны нейронов. ИМХО – межвидовой пассаж при эндоликворном введении получится.
Ниже, дана ссылка на тему, где видны различные подходы к проблеме и борьба мнений.
http://forum.neuroscience.ru/showthread ... 73&page=25
пост #246 и 249 мои, можно оспорить, только, пожалуйста, аргументировано.

2w_ink · 20/11/08 2763 RF, Moskow

мы так никуда не двинемся. не предложено формального аппарата: нет математики и нет уравнений структурной химии.
дабы не изобретать велосипеда, модель клетки тут - http://www.mathcell.ru/ru/about.shtml
можно построить модель любой степени детализированности, весь матинструментарий там есть. удачи.

Vladimirkox · 21/07/08 595

Спасибо!
Я тоже немножко ссылок добавлю, может ещё кому пригодятся
http://sbml.org/Main_Page
http://www.wolfram.com/products/applica ... athwaylab/
http://insysbio.ru/index.php?option=com ... &Itemid=99
http://www.biouml.org/
http://www.genome.ad.jp/kegg/pathway.html
http://www.brenda-enzymes.info/

2w_ink · 20/11/08 2763 RF, Moskow

Vladimirkox в сообщении #197973 писал(а):

немножко ссылок добавлю

надо было каждую снабдить коротенькой аннотацией. н-р, для sbml пояснить что за язык,
для каких моделей предназначен и ... может быть показать что нибудь свое, удалось что накодить? :wink:

или н-р, для второй
ссылки компании Wolfram Research - поизводителя пакета Mathematica, конкретно страница посвещена визуализации биохимических путей. у вас кажется есть опыт применения или я ошибаюсь?
ну и т.д. а то голые ссылки не_пойми куда ведут и вряд ли будут обнаружены теми кто будет юзать поиск по этому форуму.

Vladimirkox · 21/07/08 595

В данной теме это офф-топ, да простят меня модераторы, ИМХО - может часть постов перенести в новую тему, здесь я только хотел сказать о связи температуры воды состроением водных кластеров.

(SBML) Systems Biology Markup Language является интернетовским форматом представления программных сред, предназначенных для моделирования сетей биологических реакций.
Системная биология - это представление биологического объекта в виде определенной системы дифференциальных уравнений, для изучения поведения обьекта при линейной экстраполяции от начальных условий по времени.
В середине 2000 SBML признан международным стандартом по соглашению между разработчиками программного обеспечения и пользователями.
.

Добавлено спустя 1 минуту 23 секунды:

В предыдущем посте, ссылка дана на домашнюю страницу портала SBML, где можно найти информацию обо всех его аспектах. Портал предназначен для проведения глобальных опытно-конструкторских работ.
Пройдя по ссылке BioModels Database, попадаем в Европейскую Молекулярно-биологическую лабораторию – Европейский Биоинформационный институт.
Там можно перейти на лист курируемых моделей где, благодаря наличию кураторов и отсутствуют анонимных соавторов (сравни с википедией) - порядка больше.
Дальше можно перейти к (милому моему сердцу) кальциевому осциллятору и получить доступ к публикации содержащей формальное описание модели.
P.S.
Печально наблюдать, как Ваши интеллектуалы тратят время на Тиб...скую медицину, в то время как у классических биологов (типа меня) мозг от каких-нить бифуркаций закипает...

Добавлено спустя 24 минуты 45 секунд:

2 2w ink! У меня создалось впечатление, что Вы мои ссылки не просматриваете по каким-то принципиальным причинам. На нейросаенсе.ру при обсуждении "Фундаментального руководства по нейронаукам", я приводил графики, полученные при верификации гипотезы о гель-золевых переходах PSA-Ca out, графическое представление в Эксцеле , но получены-то они при использовании методов системной биологии, при использовании формул аналогичных опубликованых М.Х.Галимовой"Ферментативная кинетика".
На первом видно формирование возмущения=потенциал действия, на последующих стабилизация осциллятора после ПД, т.е. ваяю потихоньку, для себя. А когда надо заму по науке показать - я в Эксцел для наглядности, потому как он тоже классический биолог, и меня уже - не понимает.
Да ещё и Ерусалимский, наш декан мех.мата, - в отставку подал, совсем плохо стало.

2w_ink · 20/11/08 2763 RF, Moskow