Устойчивость ДНК во внешней среде

[mihaild]

Ende
Выделено из темы «Вирусы vs бактерии»

B3LYP в сообщении #1709218 писал(а):

И может многие бактерии живут в грязи по 20 лет

Если не многие, а некоторые, то оценка занижена на 6 порядков Revival and identification of bacterial spores in 25- to 40-million-year-old Dominican amber.

[worm2]

mihaild в сообщении #1709220 писал(а):

Если не многие, а некоторые, то оценка занижена на 6 порядков Revival and identification of bacterial spores in 25- to 40-million-year-old Dominican amber.

Что-то сомнительно. Я слыхал, что ДНК в любой среде за 8 миллионов лет разрушаются полностью (так что нельзя даже идентифицировать отдельные последовательности нуклеотидов), а чтобы потерять функциональные возможности, наверное, достаточно нескольких сотен тысяч лет.

[mihaild]

worm2 в сообщении #1709225 писал(а):

Что-то сомнительно

За что купил - за то продаю. По базовым признакам статья выглядит нормально - опубликована в Science, 843 цитирования (многие из которых про извлечение ДНК из образцов возрастом десятки миллионов лет), ссылки на другие нормальные журналы, у авторов много других публикаций по микробиологии.

[Anton_Peplov]

worm2 в сообщении #1709225 писал(а):

Что-то сомнительно

По ссылке в пабмеде ниже самой статьи три статьи-комментария. Видимо, с критикой.

На данный момент рекорд возраста секвенированной палеоДНК - 2 млн лет. См. Kjær, K.H., Winther Pedersen, M., De Sanctis, B. et al. A 2-million-year-old ecosystem in Greenland uncovered by environmental DNA. Nature 612, 283–291 (2022). https://doi.org/10.1038/s41586-022-05453-y

[B3LYP]

Anton_Peplov в сообщении #1709233 писал(а):

На данный момент рекорд возраста секвенированной палеоДНК - 2 млн лет. См. Kjær, K.H., Winther Pedersen, M., De Sanctis, B. et al. A 2-million-year-old ecosystem in Greenland uncovered by environmental DNA. Nature 612, 283–291 (2022). https://doi.org/10.1038/s41586-022-05453-y

(Нетление мощей динозавров)

Статьи:
https://ria.ru/science/20170131/1486873502.html

Цитата:

Ученые впервые нашли следы белков в костях динозавра возрастом в 195 миллионов лет, продемонстрировав возможность сохранения органики и прочих следов жизни со времен Юрского периода, говорится в статье, опубликованной в журнале Nature Communications.

https://nplus1.ru/news/2017/10/19/fatty-eocene-bird

Цитата:

Немецкие палеонтологи обнаружили в окаменелых останках птицы, жившей 48 миллионов лет назад, хорошо сохранившиеся мягкие ткани в районе хвоста. Молекулярный анализ объекта указал на то, что его состав схож с копчиковой железой — органом современных птиц, выделяющим секрет. Статья опубликована в журнале Proceedings of the Royal Society B.

https://nplus1.ru/news/2017/10/18/old-sea-turtle

Цитата:

Исследователи обнаружили меланин, бета-кератин и мышечные белковые вещества в тканях морской черепахи, жившей 54 миллиона лет назад. Молекулы сохранялись на протяжении миллиона лет, позволив ученым обнаружить доказательства того, что панцирь древних черепах был окрашен в безопасный темный цвет, обеспечивая им выживаемость. Анализ тканей ископаемого провела международная группа ученых, результаты опубликованы в журнале Scientific Reports.

https://nplus1.ru/news/2016/10/28/First ... ised-brain

Цитата:

Ученые из Кембриджского университета подтвердили, что среди останков игуанодоноподобного динозавра (Iguanodontia), найденных в 2004 году на юго-востоке Великобритании, сохранились окаменевшие фрагменты мозга. По словам палеонтологов, это первый известный случай, когда сохранились окаменевшие мозговые ткани сухопутного позвоночного. Исследование опубликовано в специальном издании Геологического общества Лондона, кратко о нем сообщается в пресс-релизе Кембриджского университета.

[Anton_Peplov]

B3LYP
Вы понимаете разницу между белками и ДНК? В том числе - разницу в устойчивости к внешним воздействиям?
ДНК разваливается от взгляда. Ее даже в живехонькой клетке постоянно приходится чинить. А белки, конечно, бывают разные. Но кератин и тому подобные - очень прочные. Так что Ваши ссылки не имеют отношения к разговору.

[mihaild]

Anton_Peplov в сообщении #1709233 писал(а):

По ссылке в пабмеде ниже самой статьи три статьи-комментария. Видимо, с критикой

Они в духе "посмотрели, надо бы воспроизвести, надо бы повнимательнее проверить совпадения с известными видами".
Но вообще да, в чуть более свежей статье (2005 год) Geologically ancient DNA: fact or artefact? пишут, что многие ранние результаты не подтвердились. И большая часть сходу нагугленных результатов про ДНК возрастом больше нескольких миллионов лет действительно 90х годов. Видимо с тех пор методы стали точнее, и открытия позакрывали.

[EUgeneUS]

mihaild в сообщении #1709243 писал(а):

И большая часть сходу нагугленных результатов про ДНК возрастом больше нескольких миллионов лет действительно 90х годов. Видимо с тех пор методы стали точнее, и открытия позакрывали.

Вот именно.

Есть такая книга:
Сванте Пэабо. Неандерталец. В поисках исчезнувших геномов. — Пер. с англ. Е. Наймарк. — М.: АСТ. Corpus — 2018. — 416 с. — ISBN 978-5-17-091066-3

Сванте Пэабо (или Паэбо) - это тот человек, который первый геном неандертальца секвенировал и денисовца по геному открыл. Книга - автобиографичная.
И там, ближе к началу, он очень нелицеприятно отзывался про сенсационные результаты 90-х годов.

[mihaild]

Посмотрел более новые цитирования статьи про разведение бактерии возрастом 40 миллионов лет. В основном либо всякие сомнительные места, либо называют её speculative and controversial. Но есть и, например, статья Paleomicrobiology: a Snapshot of Ancient Microbes and Approaches to Forensic Microbiology, опубликованная во вроде приличном Microbiology Spectrum, которая ссылается на эту статью без каких-либо замечаний, просто как на подтверждение тому, что ДНК в янтаре может сохраняться долго.