Ура. Я так понял что эта команда убрала лишние символы, которые как-то появились.
Обратите внимание, что эта команда не проверяет количество лишних символов в конце строки.
Это просто фича.
(Пишу на случай если, случайно, несколько раз подряд, один и тот-же код прогонялся через исходную программу unix2dos.
Т.к. dos2unix это только ссылка на unix2dos.)
Вообще, когда часто приходится редактировать код "для другой" системы, можно применять такую программу как notepad++ вместо классического блокнота виндовс.
У нее можно поставить галочку в "View->Show symbol->Show all characters" и видеть текущий конец строк.
В "Encoding->Encode in ANSI" - получим кодировку классическую.
(Если нужен UTF текст, то для линукса будет "Encoding->Encode in UTF without BOM".
Но это Вам вряд-ли потребуется, вроде у Вас вывода в консоль на русском языке нет.)
А поменять конец строки можно по Ctrl+H, выставив
1. в "Find what:" \r\n
2. в "Replace with:" \n
3. в "Search mode" установить "Extended"