Вроде понятно, но остался вопрос - а как определить, что p и q не являются "квадратными" или как это называется, то есть что нельзя брать p=12 и q=25, где простые множители встречаются более одного раза?
Так и называются,
бесквадратные (squarefree) числа.
Квадратов не должно быть в n, а не в p или q (хотя очевидно и там тоже, но только в них - недостаточно, например p=30, q=21 - не подходят) потому что для RSA нужно n, а p и q
всего лишь облегчают вычисление

и гарантируют нужные свойства n (т.е. фактически лишь облегчают выбор правильного и удобного n) и больше никак не используются.
Определить просто: квадрат (и степень выше) может появиться в n лишь при соблюдении любого из двух условий: квадрат есть в любом из чисел p или q, p и q имеют общие делители (которые и окажутся в n в степени выше первой). Первое исключается выбором простых p и q в оригинальном RSA, второе исключается тем же самым выбором или прямой проверкой взаимной простоты p и q как Вы обсуждаете в этой теме. Первое можно исключить и выбирая бесквадратные p и q, для чего требуется их разложение или проверка на простоту (что для больших чисел быстрее на много порядков).
В итоге выбором простых p и q решают сразу все проблемы: и ошибок при передаче не будет (в n не будет квадратов), и они автоматически взаимно простые (нет квадратов в n и передача без ошибок), и взлом (вычисление

) максимально затруднён, и тысячи лет раскладывать p и q (не говоря уж про миллионы лет для n) на множители для вычисления

не надо.
-- добавлено через 22 минуты --я пока просто иллюстрирую как размышляю
Чтобы размышления не оставались пустым фантазёрством
очень полезно сразу делать какие-то оценки. Для меня достаточно очевидно что вычислить

намного быстрее вычисления тысячи (да даже и один) раз

, хотя бы потому что d вычисляется по e именно
расширенным алгоритмом Евклида (который хоть и дольше gcd(p,q), но не сказать чтобы так уж сильно, всего вдвое-вчетверо), непонятно почему Вам это не очевидно и почему Вы не можете сразу (в уме или короткой прогой) это прикинуть.
По моему вопросы и
странные утверждения уже ходят по кругу ...