"Однако понятие точки используется и в пространствах без системы координат (например, в топологии или в теории графов)"
Как уже упомянул ув.
Утундрий, слово "пространство" в математике употребляется во многих разных смыслах, в том числе и в очень далеких от известного Вам по школьной геометрии. Топологическое пространство, метрическое пространство, линейное пространство и т.д. и т.п. - все это разные вещи, не очень связанные друг с другом, и изучаются они в разных областях математики. Например, топологическое пространство - в топологии, а линейное - в линейной алгебре. Чтобы разобраться в этом, нужно освоить азы этих наук по учебникам, пытаться разобраться по википедии бессмысленно и вредно: ничего не поймете, только ерунды напридумываете.