Если потом объединить оба решения подсистем в одно, то будет конфликт в граничных точках.
Это плата за то, что Вы каждую из подсистем рассчитывали независимо, хотя на самом деле подсистемы взаимодействуют через границы (а возможно, и не только через них).
Ваш метод многообещающий. Берём сложную систему. Разбиваем на подсистемы и рассчитываем каждую подсистему отдельно. Получаем грандиозное упрощение. Одна проблема: потом ничего не стыкуется.
Наверное, потому и приходится при расчёте сложных систем огромные системы уравнений решать
совместно.
Может быть, есть надежда на упрощение в случае, когда подсистемы почти автономны, т.е. взаимодействие слабое.