При случайных начальных координатах кто-то может оказаться в зоне сильного отталкивания. Чтобы скорости перераспределились по Гауссу я даю им время поболтаться по законам механики, дальше через заданный интервал времени все скорости умножаются на постоянный коэффициент, при этом считается температура системы, как добрались до требуемой можно остановиться. Вот и все.
Эта процедура не выглядит очень полезной, чтобы выйти на стационарное поведение (выползти из маловероятных областей фазового/конфигурационного пространства в более-менее нормально заселённую). Обычно после всяких операций с системой (не важно на что нацеленных), ей дают тупо отрелаксировать к чему-то. Для этого наблюдают за графиками энергии (кинетической или потенциальной), чтобы они вышли на линейный тренд с осцилляциями.
Если нужно пересчитать результаты к NVT ансамблю, то см. статью [J. Z. Lebowitz, J. K. Percus, L. Verlet Enseble Dependence of Fluctuation with Application to Machine Computation Phys Rew Vol153, 1, 1967]
А что Вы не реализовали что-то более современное? Типа Нозе-Хувера, или хотя бы Берендсена, прости ЛММ?
UPD: не видел сообщение
DimaM.