Такой подземный стук сложно диагностировать только по описанным симптомам, но, возможно, профайлер поможет выяснить что-то интересное? Я слышал хорошие отзывы об Intel VTune. Возможно, Вы можете
получить его бесплатно как часть Parallel Studio XE? Также есть профайлер, встроенный в Visual Studio, бесплатный
Very Sleepy для Windows и
perf/
KCacheGrind для Linux.