Мои коллеги, которые строят трёхмерные графики в Origin, подают ему на вход данные в трёх-колоночном формате (

,

,

), поэтому (формат изменяйте по вкусу):
do i=1,101
do j=1,101
write(10,*) i, j, u(i,j)
enddo
enddo
В отличие от матриц Origin, которые бывают только на равномерной сетке, здесь можно вместо
i, j подставить
x(i), y(j) и получить неравномерную, если того требует задача.