Anton_PeplovИ если не собираетесь записывать cd, и если ape с паузами (т.е. треки не переходят один в другой без пауз), то возможно имеет смысл разрезать ape на части по-треково. И может даже разрезать в какой-то более удобный вам формат например flac\alac и т.п.
А вообще, добро пожаловать в мир образов cd-дисков
Media monkey довольно неплохая штука для систематизации.
P.S. Ещё может быть "битый" .cue Иногда попадается. Это текстовый файл и могут быть проблемы с кодировками (unicode и т.п.)