Насколько я понимаю, в Математике графы задаются, скажем, матрицей инцидентности. Как точки расположены, неважно. Рисование же графа по точкам сводится к рисованию отрезков на плоскости. Пусть список ребер задан таким массивом:
Код:
edgeList = {{{1, 2}, {3, 4}}, {{3, 4}, {3, 1}}, {{3, 4}, {4, 1}}}
В данном случае 3 ребра. Тогда
Код:
Graphics[Line /@ edgeList]
даст картинку.
Задать же сам граф, так сказать, в абстрактном виде, чтобы потом его анализировать командами Математики, можно так:
Код:
gr = Graph[UndirectedEdge @@@ edgeList]