С противопоставлением моделей вычислений.
А. Ну там ситуацию особо не развернёшь дальше уже написанного. Те люди, видимо, хотели, чтобы можно было делать вычисления например со строками над произвольным алфавитом, при этом не кодируя их натуральными числами. И думали, что в частности машины Минского могут быть определены только для последних. Изначально, видимо, действительно большинство регистровых машин определялись специально для натуральных чисел, но ничто не мешает иному, особенно когда машина не поминает каких-то непримитивных свойств типа делимости. В общем само по себе внимания не стоит, это было просто дополнение для тех, кому могло быть скучно.
Математика, в которой совершенно излишне углубляться в нестандартные модели арифметики и ограничивать себя логикой первого порядка.
Возможно… Если говорить только о том направлении, что задал ТС, с соответствующим уровнем, наверно не нужно. В общем случае — сейчас не имею понятия.