Вы что-то путаете. SAT - это задача о выполнимости, а не о покрытии. Кроме того, покрытия - они разные бывают (вершинное покрытие, покрытие множествами и т.п.) Так что, непонятно о какой конкретно задаче идет речь.
Но если, например, если вашу задачу можно свести к поиску клики или независимого множества в графе - могу порекомендовать ПО Стаса Бусыгина:
http://www.stasbusygin.org/