Фермент - активная молекула, и с пищей поступать не может. (Точнее, может, если пища содержит фермент, и этим ферментом и переваривается, есть такие блюда.) В любом случае, для пищеварительной системы такой фермент - просто очередной белок.
Ферментированная пища; сама пища начинает перевариваться своими ферментами раньше, чем организм начнет разваливать фермент на составляющие и тем самым нейтрализовать. Опять же, если фермент белок, на его усваивание тоже нужен фермент. Самый яркий пример - квашеная капуста. Усваивается и переваривается лучше сырой, меньше нужно своих ферментов.
Один из хитов в области похудения дамочек - пища, которая воспринимается как пища рецепторами, но не усваивается ввиду сложности состава. Пример - жир Олестра, на котором одно время весь запад жарил чипсы. Калорийность 0, молекулярный вес зашкаливал, по вкусу масло. Запретили по подозрению на онкологию.