А эфир, в свою очередь, изначально присутсвтововал аж в таблице Менделеева.
Однако сейчас там его нет, и уже одно это должно было насторожить. Неспроста же.
Периодическую таблицу элементов начали конструировать задолго до Менделеева.
Он известен тем, что придал ей достаточно законченный вид, или даже каркас, на который уже значительно позже навесили физический смысл.
Потому как во времена Менделеева атомарная теория вещества еще практически не существовала. Только спустя 50 лет появились первые толковые объяснения из разряда не "как", а "почему"
Так уж наука устроена, что сначала ученый описывает явление, набирает экспериментальный материал, а потом строит теории.
Простой пример.
Кеплер в свое время долго наблюдал за поведением планет в Солнечной системе.
И на основе этих Наблюдений эмпирически вывел 3 закона своего имени, без какого либо понимания, а почему.
Потом пришел Ньютон, и проанализировав это Кеплеровские законы вывел закон тяготения между Солнцем и планетами и обобщил этот закон на все тела в природе.
Более того, это ему позволило предсказать, что кроме замкнутых эллиптических орбит могут существовать незамкнутые параболические и гиперболические орбиты.
Возможно эфир и присутствовал каким-то боком у Менделеева уме. В конце концов в то время теория эфира не противоречила существенным образом существующим на то время экспериментам. Но наука не стоит на месте. И если появляются какие-то эксперименты, опровергающие предсказания предыдущих теорий, их либо подправляют, либо заменяют на новые. Так было не только с теорией эфира.