По приведенному Вами тексту я ничего не могу понять. Но сведение двух обыкновенных дифференциальных уравнений второго порядка к системе четырех уравнений первого порядка - стандартный материал. (См. любой учебник, например, Эльсгольц "Обыкновенные дифференциальные уравнения и вариационное исчисление".) Если вопрос по дифференциальным уравнениям, то набирайте формулы в

.
Если Вы спрашиваете о реализации в Matlab, то фрагмент слишком короткий, чтобы что-то содержательное говорить. (Но такое я ни разу не видел.) Приводите более объёмные исходные тексты. Посмотреть можно, например, в примере 14 (движение тела, брошенного с начальной скоростью

под углом

к горизонту в предположении, что сопротивление воздуха пропорционально квадрату скорости) Доля П.Г. "Использование MATLAB. Решение дифференциальных уравнений." (В Сети был доступен pdf).