Вариантов масса. Это и cmap для pdflatex (хорошо бы ещё вкупе с переводом на utf8 кодировку исходников), и перевод на utf8, но уже под xetex или lualatex. Есть ещё фокусы с подключением glyphtounicode.
Можно перевести диссертацию на шаблон
Russian-Phd-LaTeX-Dissertation-Template, если время позволяет.
Ну и кодировка неправильная внутри документа по идее позволит пройти проверку идеально - ни капли плагиата, а то что система не знакома с такой распространенной проблемой, разве ваша проблема?!