Хорошо, энергия покоя, каким же образом масса вещества переходит в энергию?
Не надо наводить путаницу. Горение (хорошо, химическое горение), как в случае водорода и кислорода, не подразумевает разрешения атомов. Можно сказать, что там "рушатся" другие структуры - молекулы. И из энергий выделяемых в их разрушении/собирании и происходит выделение или поглощение тепла.
Мое претположение о разрушении атомов верное или есть другое объявнение?
Ваше предложение неверное. Но атомы (ядра атомов) могут разрушаться - в ядерных реакциях (вспоминаем Манхэттенский проект). Некоторые тоже зовут это горением, но там суть процессов сильно другая, чем в случае кислорода и водорода. И разрушаются там они (атомы) не в ничто, а в другие атомы.