\documentclass[envcountsect]{beamer}
\setbeamertemplate{theorems}[numbered]
\begin{document}
\section{One}
\begin{frame}
\begin{theorem}
Crocodiles fly
\end{theorem}
\end{frame}
\end{document}
Только сначала,
как и положено идет номер секции, а потом теоремы. Если хочется наоборот, то вставьте еще строку
\renewcommand{\thetheorem}{\arabic{theorem}.\thesection}