Потому что в атоме нечему крутиться.
Точнее, конечно, есть чему. Электронам. Но вращательные степени свободы атома возбуждать ещё сложнее, чем вращательные степени свободы двухатомной молекулы. Поэтому, в обычной жизни атом всё-таки не крутится.
А раз он не крутится, то он ведёт себя как материальная точка. А материальную точку можно задать тремя числами - координатами. Это и будут её степени свободы (точнее, три скорости

- у каждой своя кинетическая энергия).