Та же проблема. И столкнулась я с ней именно после этого действия:
Если нет, то остается только полная переустановка MikTeX с официального сайта
(версия 2.9.4503 64 bit).
До этого была версия 15-летней примерно давности, успешно справлявшаяся с насущными нуждами и не глючившая.
Родной редактор, во-первых, страшно неудобен, во-вторых, я не вижу в нем возможности обратного поиска, зачем, собссно, и ценю dvi-файлы, в-третьих, если я правильно понимаю, он эти самые dvi-файлы не создает.
Далее, дело не в texniccenter, так как при работе из командной строки происходит все то же. Какие-то миктеховско-йаповые глюки. Пока не поняла, в чем проблема, но могу утешить ТС тем, что он не одинок.