А как вы прелагаете делать прозрачным фон формул?
Дело в том, что latex четко различает белый и прозрачный и у нормального pdf произведенного pdflatex background прозрачный. Его pdf браузер изображает как белый, но он прозрачный
Сравните два файла (в аттачменте). Они разные, хотя кажутся одинаковыми
Ещё иллюстрация:
Создадим A.tex:
\documentclass[12pt]{article}
\usepackage{xcolor}
\usepackage{geometry}
\paperwidth=100pt
\paperheight=50pt
\voffset=-75pt
\hoffset=-100pt
\pagestyle{empty}
\begin{document}
Hello, world
\newpage
\pagecolor{white}
Hello, world
\end{document}
У полученного pdf 2 стр,
вроде одинаковыхВ той же директории создадим еще B.tex
\documentclass[12pt]{article}
\usepackage{xcolor}
\usepackage{geometry}
\usepackage{pdfpages}
\pagecolor{cyan}
\pagestyle{empty}
\begin{document}
\includepdf[pages={1,2},nup=1x2]{A.pdf}
\end{document}
И процессировав его видим, что у первого pdf на стр 1 background прозрачный, а на стр 2 -- белый!