Справка по формату printf
Если кратко, то попробуйте при выводе написать что-то вроде %7d и посмотрите, что получится.
Кстати, вводить матрицу по одному значению довольно неудобно. Возможно, было бы проще использовать что-то вроде
Код:
scanf("%d %d %d", &i1, &i2, &i3);
При этом еще нужно проверять значение, которое возвращает scanf. В нормальном случае оно должно быть равно количеству успешно считанных полей, т.е. 3. Если нет - то значит что-то не так, эту ситуацию стоит обработать особо. Например, вывести сообщение об ошибке и предложить ввести строку еще раз.