Имхо, далеко не всегда. Зависит от способа получения исходных данных, наличия в них шумов и их величины, степени неравномерности сетки и т.п. Например, временнЫе сигналы, представленные в wav-файлах прекрасно интерполируются и при частотах, весьма близких к частоте Найквиста, а аппроксимация там, подозреваю, наоборот исказит и сигнал и производные.
Это всего лишь означает, что класс аппроксимирующих функций выбран неправильно. Ведь если интерполирующая функция принадлежит этому классу, то решением задачи аппроксимации (возможно, правда, не единственным) она сама и окажется. Собственно, понимание, какой общий вид на самом деле имеет функция, заданная таблично - самое главное в этой задаче.
При обработке звука, полагаю, проблема сводится к тому, что предполагается аппроксимация полиномами, что, естественно, для таких данных не подходит. А если в качестве аппроксимации взять результат двукратного преобразования Фурье с убранной после первого преобразования высокочастотной компонентой (или результат работы метода CLEAN или что-то еще в таком роде), то все будет нормально.