1) Для начала определитесь с каким пакетом Вы работаете поскольку эти пакеты разные и авторы разные. mathenv пакет 1998 года причем документация общая с совершенно несвязанным пакетом того же автора, envmath 2010 года. Автор последнего тоже назвал сначала свой пакет mathenv (очевидно не проверив что имя забито), а потом переименовал в envmath.
Список пакетов этого автора
http://get-software.net/macros/latex/contrib/bosisio/ производит впечатление несерьезное. Причем документация envmath не содержит примеров typeset (что отправляет автора IMHO в младшую группу детсада). Учитывая, что автор обещает "более простые" (по его мнению) варианты стандартных команд я вовсе не убежден, что он предлагает новые возможности.
Вывод: я бы держался от обоих подальше.
2) Объясните, чего Вы хотите... Как должен выглядеть typeset ? Как должна выглядеть система скажем из трех уравнений? Должна бы она быть в одну строку с номером (3.4)-(3.6) или в три с тем же номером? В первом случае я бы использовал 3) см. ниже, а во втором тоже 3) но поставив уравнения внутри {aligned}, {alinedat} или {gathered}
3) Не забывайте, что помимо автоматических номеров в amsmath всегда можно ввести "свой" номер через \tag или \tag* (последняя не ставит скобки) и при этом внутри этих команд можно использовать \ref (а если с hyperref, то лучше \ref*), и к этим уравнениям можно добавлять \label и ссылаться через \ref
4) Есть пакет subeq (2004 г но автор Donald Arsenau человек известный и активный, т.е. поддержка вполне вероятна). Там, правда, нумерация другая (в виде нижних индексов) (3.4)_1, (3.4)_2, и т.д. для уравнений внутри системы.
