Поток через каждую грань не обязан быть нулевым в стационарном решении.
В стационарном в общем случае - да, но тут, судя по описанию, все проще.
При рассчете конвективного и диффузионного слагаемых предполагаю, что за стенкой есть еще одна ячейка, только скорость направлена в обратную сторону. Расстояние до центра масс той ячейки - как два расстояния от центра масс данной ячейки до границы. Градиент давления через стену беру равным 0.
Да, тогда такое я когда-то видел, правда, не у себя. Автор, кажется, объяснял это получающимися артефактными "стоячими волнами", поскольку при этом стенки фактически работают как отражатели. Вязкости у Вас ведь нет?