Возможно, будет полезной книга:
Марпл-мл. Цифровой спектральный анализ и его приложения.
Там описываются методы решения подобных задач, в которых, несмотря на дискретность отсчетов, дифференциальные операторы
не заменяются разностными (и это хорошо, потому что брать численно третью производную от дискретного зашумленного сигнала — это... сами понимаете).
Один из этапов решения — определение коэффициентов

, при которых выполняется рекуррентное соотношение, в Вашем случае имеющее вид

для всех

. Здесь

.
(Оффтоп)
Понятно, что выполнение ДУ влечет выполнение рекуррентных формул?
Ну, например, если

, то

, где

— шаг по времени.
Если сигнал

только приблизительно удовлетворяет ДУ, то и рекуррентные соотношения выполняются приближенно, в этом случае коэффициенты

подбираются так, чтобы минимизировать, например, сумму квадратов отклонений левых частей от правых.
И уже исходя из этих коэффициентов строится дифференциальное уравнение.
Считается, что этот класс методов точнее.