Стихотворение надо, конечно, воспринимать на слух, так как инверсии, столь принятые в поэзии, могут ввести в заблуждение. Надо несколько раз прочитать с преувеличенными логическими паузами.
По моему, так:
И в темной зелени / фрегат или акрополь
Сияет издали / воде и небу брат/
Ладья воздушная и мачта-недотрога//
Служа линейкою преемникам Петра,
Он учит / красота - не прихоть полубога...
То есть Фрегат или Акрополь, коими представляется Адмиралтейство, учит преемников Петра, служа им линейкой, то есть неким эталоном.
А строка про ладью и мачту — это любование отдельными элементами здания. То есть эта строка пунктуационно связана с последующей строкой, а вот логически — с предыдущей.
Разумеется, Поэт имеет своё видение мира, которое не поддаётся логическим разборам и должно с благоговением восприниматься как есть.