К примеру, для визуализации полимеров можно использовать такой проект
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Файлы и коды под широкий класс операционок можно бесплатно скачать, нужно лишь зарегистрироваться. В случае молекулярной динамики и Монте-Карло код пишут обычно под конкретную задачу уже. Хотя и тут общие методы есть. Для этого лучше всего сначало пролистать обзорный материал по молекулярной динамике или Монте-Карло, а потом обзорный материал по тем же методам в контексте полимеров.
Для просмотра конкретных симуляционных работ по полимерам, можно зайти на сайт Лос Аламоса и дать поиск препринтов: polymer+Monte-Carlo....
http://xxx.lanl.gov/
Работы там серьезные и чаще всего уже опубликованные в серьезных журналах. Это там Перельман свое доказательство выложил.
Если лень писать свою молекулярную динамику, то есть хороший бесплатный голландский проект
http://www.gromacs.org
Описанные два проекта не работы одного человека, а научного сообщества.
Только все это на английском. Русские аналоги мне не известны:-(