Прежде всего очевидно, что требование до Вас доведено в искажённом виде. На компьютерные программы в РФ патенты не оформляются. Требовать, на самом деле, могут:
0. Лицензионности использованных Вами (а не разработанных Вами) программ. Для исключения юридических претензий к институту.
1. Регистрации авторского права на Ваши программы. Не является патентованием.
Цитата:
Ч.4 ГК РФ ст.1259, п.1: … К объектам авторских прав также относятся программы для ЭВМ, которые охраняются как литературные произведения.
Для этого предоставляются:
а. Текст программы (до 70 листов) - в обязательном порядке.
б. Дата создания, дата и место первого выпуска программы, если была ранее регистрация программы - дата регистрации и прежнее название.
в. Примеры выдачи программы, распечатки изображения на экране - необязательно.
г. Сведения об ОС, типе ЭВМ, языке программирования.
д. Объём исходного текста, Мб.
е. Дополнительные материалы (примеры подготовки данных, инструкции и т.п.) - необязательно.
ё. Аннотация (до 700 знаков) - обязательно.
ж. Квитанция госпошлины.
Участия агентства по авторским правам не требуется (и, скорее всего, оно и не нужно, нет трудоёмкой переписки с экспертами).
2. Патентования Ваших разработок, включая программы.
В этом случае, поскольку программы предметом патентной защиты не являются, патентуют либо "устройство", либо "способ", указывая "...отличающийся тем, что обработка данных производится при помощи программы".
Существенно более трудоёмкая процедура, нежели регистрация программы в Реестре. Поскольку может быть связана с денежными поступлениями. Может быть целесообразно привлечение патентных поверенных, несмотря на достаточно высокие их гонорары. Впрочем, вести дело самому, расходуясь лишь на госпошлину и на почтовые расходы, вполне возможно, но вероятны задержки из-за претензий к формальным нарушениям.
Так что стоит выяснить подробнее, чего же от Вас ждут.