Тонкое различие в семантике русского языка, по моему, можно показать скобками:
"А не есть множество В" или "А есть НЕ множество В".
"А не есть множество В" = "A не есть (множество В)"
"А есть НЕ множество В", на мой взгляд, неоднозначно, и может означать как "А есть НЕ (множество В)", так и "А есть (НЕ множество) В".
Первый вариант совпадает с "А не есть множество В", а второй - нет. Причём, мне кажется, второй вариант понимания более правилен.
"НЕ множество В" - это любое другое множество, кроме В.
..., или объект другого класса (не множество) под именем B.