2014 dxdy logo

Научный форум dxdy

Математика, Физика, Computer Science, Machine Learning, LaTeX, Механика и Техника, Химия,
Биология и Медицина, Экономика и Финансовая Математика, Гуманитарные науки




Начать новую тему Ответить на тему
 
 Секвенциальный анализ
Сообщение24.04.2012, 12:41 


20/07/10
28
Назрел такой вопрос. Хоть и приложение к биологии, но задача чисто математическая. Есть несколько классов нуклеотидов в строении ДНК. Нуклеотиды медленно выстраивают цепь. Нужно по строению этой цепи и того, как располагались нуклеотиды в прошлом, определить с определённой вероятностью какого класса будет следующий нуклеотид в цепочке. Я так понял, что в этом может помочь секвенциальный анализ, который входит в поиск ассоциативных правил?

 Профиль  
                  
 
 Re: Секвенциальный анализ
Сообщение24.04.2012, 13:24 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


13/08/08
13909
Не могли бы Вы пояснить, когда именно нуклеотиды выстраивают цепь? Каким может быть строение этой цепи? Что значит "в прошлом"?

 Профиль  
                  
 
 Re: Секвенциальный анализ
Сообщение24.04.2012, 14:06 


20/07/10
28
Ну чтобы абстрагироваться от различной биохимии обьясню так. У нас есть классы обьектов, например ошибки типа 1, 2, 3 и 4. Ошибки появляются во времени последовательно и образуют дискретный ряд. Так вот в этом ряде, в прошлом после 3 ошибок 1 типа в 90% случаев идёт ошибка 3 типа. Но ведь для разного колличества ошибок, которые беруться во внимание может быть разная вероятность развития событий. Т.е. для 3 ошибок 1 типа одна вероятность, а если мы возьмём во внимание ошибку, которая предшествовала этим 3, вероятность будет уже другая. По сути интересует нахождение закономерностей.

 Профиль  
                  
 
 Re: Секвенциальный анализ
Сообщение24.04.2012, 14:30 
Заслуженный участник


25/02/11
1743
Подходящий математический аппарат - теория случайных процессов. Если бы результат зависил только от последней ошибки, это были бы марковские цепи. Если взять модель, что вероятности след. ошибки зависят ровно от трех предыдущих, тоже.

 Профиль  
                  
 
 Re: Секвенциальный анализ
Сообщение24.04.2012, 14:33 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


13/08/08
13909
Только 4? То есть каждый нуклеотид определяется железно. A,G,C и T без всяких там K,R,N и т.п.
То есть появляется цепочка букв AAGCTCCGTA... и надо угадать, какая будет следующая буква?
Вопрос дилетанта: ведь всякая такая последовательность строится только на основе уже существующей с рождения организма комплементарной последовательности. То есть жёстко детерминирована. Какие там могут быть случайности?
Или вопрос именно в нахождении закономерности? Тогда какой смысл рассматривать последовательность во времени?
Наборщик медленно набирает текст произведения А.С. Пушкина:" Мой дядя самы". К какой вероятностью следующей будет буква "х"?

Вам надо получше формализовать задачу. Тогда придут опытные секвенционисты и додут дельный совет.

 Профиль  
                  
 
 Re: Секвенциальный анализ
Сообщение24.04.2012, 15:37 


20/07/10
28
4 класса я взял только как пример. Их может быть заметно больше. Сама задача - это мутации и мутагенез в ДНК. На самом деле обьекты сначала кластеризуются, потом классифицируются с помощью Simple Vector Machine. Но это не суть важно. Если брать ваш пример, при наборе произведения мы имеем одну вероятность появления буквы "х" после "ы", другую после "мы" и третью после "амы". Мы сперва находим все частные наборы обьектов, а потом генерируем для них ассоциативные правила.

 Профиль  
                  
 
 Re: Секвенциальный анализ
Сообщение24.04.2012, 16:23 
Заслуженный участник
Аватара пользователя


13/08/08
13909
Тогда пардон за некоторое ёрничество, но уж больно фраза " нуклеотиды медленно выстраивают цепь" напомнила "стремительный домкрат". :-) Ан дело-то серьёзное.

 Профиль  
                  
 
 Re: Секвенциальный анализ
Сообщение24.04.2012, 16:34 


20/07/10
28
:-) Я просто старался сфокусировать внимание на поиске закономерностей. А "белки, жиры и углеводы" можно заменить фруктами или овощами. Суть проблемы не меняется.

 Профиль  
                  
 
 Re: Секвенциальный анализ
Сообщение26.04.2012, 19:02 


27/10/10
11
Map, я биоинформатик, но не уверен, что правильно понял, о чем вы говорите. Вам известно несколько предыдущих нуклеотидов, и вы хотите, глядя на них предсказать следующий? Слова в геноме считаете, что ли? Перепредставленность каких-нибудь сайтов? :)

Если вы предполагаете, что вероятность того, что следующий нуклеотид будет "С", зависит от 3 предыдущих, то это называется Марковская цепь 3 порядка (например, если у вас сайт рестрикции "ATGC" избегается, то вероятность "C" при условии того, что предыдущие 3 нуклеотида были "ATG" почти 0, а если предыдущие были не "ATG", то около 0,25). Ключевое слово для вас - марковская цепь или марковская модель; если поясните подробнее, что вы хотите посчитать, может быть, я смогу ответить вам конкретнее.

 Профиль  
                  
 
 Re: Секвенциальный анализ
Сообщение26.04.2012, 21:50 


20/07/10
28
Проблема разрешилась. Спасибо всем откликнувшимся. Вот кто бы ещё по другому моему топику о задаче высказался. :-)

 Профиль  
                  
Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 10 ] 

Модераторы: Модераторы Математики, Супермодераторы



Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Найти:
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group