Мимо

В смысле, что в этом способе есть гораздо бОльшая проблема -- все заглавные буквы идут перед всеми строчными.
Но мне все равно проще как-то так выкрутиться
Код:
\index{сеге@Сегё}
в тех редких случаях, когда возникает проблема, чем прикручивать скрипты вроде rumakeindex (тем более, что я пользуюсь несколькими кодировками: последнее время в основном делаю большие тексты в XeLaTeX, а там не юникод неудобно).
xindy -- да, вариант, и, например, для украинского просто вынужден им пользоваться, поскольку там есть буквы є, ї, і, которые не имеют такого полумифического статуса, как ё.