Будут ли изначально покоящиеся часы идти синхронно
Синхронно - в каком смысле? Неподвижный наблюдатель, взглянув на эти часы одновременно, увидит на них одинаковые показания. Однако в ИСО, в которой эти часы покоятся, они не синхронны - передние убежали вперёд (я имею в виду, что ускорение уже закончилось).
А по каким причинам изменяется расстояние между кораблями при одинаковом и одновременном ускорении?
Рассмотрим в процессе ускорения мгновенную сопутствующую ИСО для задней ракеты. В этой ИСО часы на передней ракете ушли вперёд (посмотрите пространственно-временную диаграмму), поэтому она ускорялась бóльшее время и имеет бóльшую скорость. Поэтому в этой системе отсчёта расстояние между ракетами увеличивается.
насколько я понимаю, парадокс Белла в рамках СТО не решается.
Да ладно, если бы в СТО нельзя было рассматривать ускоренное движение, зачем бы она была нужна.
смысл таких понятий как одновременность и неодновременность неоднозначен
Да, в определённой степени не однозначен. Зафиксируем некоторое событие. Обозначим его

. Построим световой конус с вершиной в этом событии. Собственно, есть два световых конуса - световой конус прошлого, который содержит все события, которые могли повлиять на

, и световой конус будущего, который содержит все события, на которые может повлиять событие

. Все прочие события, находящиеся вне обоих конусов, причинно никак не связаны с событием

- оно на них не может повлиять и они на него не могут повлиять. Любое из этих событий можно считать одновременным событию

, но если мы попытаемся их все считать одновременными событию

(и друг другу), то мы получим противоречия.
Когда мы выбираем ИСО и синхронизируем в них часы по правилу Эйнштейна, мы тем самым определяем, какие события являются одновременными. При таком определении события, одновременные событию

, находятся на некоторой пространственноподобной гиперплоскости, проходящей через событие

. Если же не связывать себя правилом Эйнштейна и выбором непременно инерциальных систем отсчёта, то можно назначить одновременными события на произвольной пространственноподобной гиперповерхности, проходящей через событие

.
Все наблюдатели, находящиеся в различных точках пространственных координат движущейся ИСО' существуют одновременно с наблюдателями покоящейся ИСО, только с замедленным течением времени и асинхронно идущими часами, в полном соответствии с формулами ПЛ.
Это как раз то, о чём я говорил выше. Такая точка зрения приводит к противоречиям.
Рассмотрим три ИСО, начала которых совпадают с событием

. Одну из них будем называть "неподвижной" (обозначаем её

), вторая движется в направлении оси

со скоростью

(обозначаем её

), третья - со скоростью

(обозначим её

). Пусть на расстоянии

световых секунд от начала координат в ИСО

(в точке с координатами

) происходят три события:

(

),

(

),

(

). Тогда одновременными в системе

будут события

и

, в системе

-

и

, в системе

-

и

. В системе

в тот момент, когда происходит событие

, события

уже нет, а события

ещё нет, и считать

и

тоже одновременными событию

нельзя. Аналогично в ИСО

одновременными являются

и

, в то время как

и

произошли раньше и в момент появления

не существуют.
Такая же ситуация и с Вашим квадратом: он существует в "неподвижной" ИСО

только в один единственный момент времени

, а в ИСО

его передняя сторона (по направлению движения

относительно

) появляется раньше, чем задняя, и в момент появления задней передняя сторона не существует. Поэтому в этой ИСО у нас нет квадрата, размеры которого мы могли бы измерять.
Разумеется, Вы имеете право не пользоваться стандартными ИСО и использовать другую синхронизацию часов. Например, Вы можете считать, что события, одновременные в одной системе отсчёта, являются одновременными и во всех остальных. Однако при таком определении, во-первых, Вы не имеете права пользоваться преобразованиями Лоренца, поскольку они действуют только для перехода между стандартными ИСО, а во вторых, анизотропия распространения света в таких системах отсчёта - такая банальность, о которой говорить совершенно не интересно.
Да процедура синхронизации - это не процедура, проводимая с целью задать всем часам какое-то время, а способ установления одновременности.
Эдак можно бесконечно толочь воду в ступе. Давайте всё же определимся с результатами, полученными в ходе мысленного эксперимента. Т.е. с тем, что после прекращения ускорения часы на разнесенных по оси движения КК идут синхронно. А это в свою очередь означает, что если до старта посадить в каждый из КК по близнецу с одинаковым возрастом, то при прекращении ускорения они останутся одного возраста. Никто из них не будет старше или моложе любого другого из участников.
Ну да, в момент окончания ускорения (при условии, что ракеты ускорялись по одинаковой программе), все близнецы будут иметь одинаковый возраст. Но это в "неподвижной" системе отсчёта. А давайте рассмотрим ИСО, связанную со средним кораблём после того, как он закончил ускоряться. В момент окончания ускорения среднего корабля в этой ИСО передний корабль уже давно закончил ускорение и близнец на переднем корабле должен быть старше, поскольку после остановки двигателей уже прошло некоторое время. А задний корабль ещё продолжает ускоряться, поскольку его часы отстают, поэтому близнец на заднем корабле моложе, чем на среднем. А перестановка часов (на переднем и заднем кораблях), разумеется, на возраст близнецов не повлияет. Но пусть после окончания ускорения близнецы с переднего и заднего кораблей одновременно (по заново синхронизированным часам) отправятся на средний корабль с одинаковой скоростью. Прибудут они на средний корабль одновременно. И возраст у них в момент прибытия будет разный.
А Вы представляете, что каждая ИСО возит собственное поле с собой?
Какое поле? И как определить движение относительно поля?
Если с точки зрения наблюдателей покоящейся ИСО все часы на КК идут синхронно, а скорость света волшебным образом всегда постоянна, то сигналы, одновременно поданные с КК1 и КК3 при прекращении ускорения, должны поступить на КК2 одновременно.
Синхронно в каком смысле? Одновременно посланные по каким часам?
Беллом изначально заданы в принципе невыполнимые условия
Почему невыполнимые? Ну, практически их, конечно, очень трудно выполнить, но трудности выглядят чисто техническими, а не принципиальными.
Как оно поддерживается далее постоянным, и как определить, равно ли оно ускорению другого корабля в данный момент, и как определить этот "данный момент" для двух кораблей - вопросы для меня пока открытые.
Ну, синхронность (одновременность) понимается в "неподвижной" ИСО. Технически реализовать можно, просто задав управляющим автоматам на кораблях одинаковые программы ускорения, и пусть они их отрабатывают по собственным часам.
В моем представлении, действительная скорость света в каждой ИСО зависит от направления его распространения, но реально существующие релятивистские эффекты создают такие условия, при которых сопутствующие наблюдатели в любом случае при измерении получат неизменную скорость света.
Да, это, конечно, замечательная идея. Египетские пирамиды умеют ходить сами, только они делают это так, что обнаружить это невозможно. Из-за релятивистских эффектов.
Господа, вам это ещё не надоело? Ясно же, что какие-либо объяснения бессмысленны.