Вообще-то должна. Однако, насколько мне известно, число сравнений сложность алгоритма не увеличивают. На сложность алгоритма влияют: цикломатическая сложность (циклы while, for, а также копирование объектов классов и т.п.), операции умножения (а также возведения в степень, ну и всякие экспоненты и корни, которые еще "тяжеловеснее"), операции сложения (в большинстве случаев НЕ учитываются, в силу двоичной организации памяти регистров).
Ну и далее "в таком вот акцепте"...
Сложность алгоритма можно измерять по-разному, а на практике любая инструкция имеет некоторую временную цену, которая зависит в том числе от контекста(напр., окружающих инструкций). В теории сложности обычно для простоты считают, что каждая операция имеют фиксированную цену, причем для некоторых эта цена может быть нулевой - например, считаем только умножения, не рассматривая сложений (кстати, в современных процессорах время выполнения "среднего" умножения не сильно больше времени сложения).
Цикломатическая сложность - это несколько другая концепция. Это статическая сложность, т.е. характеристика программы, а не алгоритма. В общем случае она слабо связана с временем выполнения, но в некоторых довольно типичных случаях может говорить что-то об экспоненте времени выполнения. Но вообще она является не оценкой временной сложности, а оценкой сложности тестирования.
В задачах поиска в массиве и сортировки массива обычно во временной сложности учитываются операции сравнения и/или присваивания элементов массива, поскольку другие операции в классических алгоритмах сортировки и не используются.