Возможно, xypic и устарел, но мне он нужен. я не знаю, чем его заменить. Да и нужно ли менять?
Покажите для чего он вам нужен, может вам подскажут как это сделать с помощью pgf/tikz.
Sekhmet писал(а):
Если бы я знала, с какой программой конфликтует \usepackage{caption}... (если она вообще конфликтует...)
Приведите минимальный пример. Вы привели лишь шапку, преамбулу, да и то неполную.
P.S. Если рассматривать ваш пример с самого начала то не понятно
1. Зачем вы используете inputenc с cp866, если babel закомментирован
2. Зачем вы подключаете fontenc с опцией T2A, если не используете русский язык.
Причина ошибки пакет xy: вместе с пакетом caption он работать не может, т.к. пакет caption более современный чем xy, то полагаю .Serj. прав, пакет xy устарел (его метод работы не подходит для современных систем). Хотя виноват не только он, вы используете связку tikz+xy+caption, что-то одно нужно исключить.
P.P.S. Была у меня одна такая проблема, hyperref не хотел работать вместе с bm. Пришлось отказаться (от чего именно не помню