per centum, pro centum - "на сто", "со ста" по латыни.
Но на самом деле никто толком не знает, какой язык у какого заимствовал. Говорят, что сам термин раннефранцузского происхождения, откуда перешёл в позднюю латынь, хотя части французского слова pour cent, несомненно, из старой латыни. Идея делить на 100 частей возникла у греков. А что, в википедии нет ничего?
Сравните с промилле.
Самое простое объяснение, годное для школьников
http://mat.1september.ru/2002/36/no36_2.htmНо если копать глубже...
Вдогонку. Посмотрите в английской википедии.