математика и расшифровка генома

[квадрат]

объясните пожалуйста кто знает современные вычислительные средства позволяют или нет вычислить фактореал 150000 или нет я это спрашиваю потому,что человеческий геном включает в себя 150000 генов для того чтобы расшифровать геном мало определить последовательность генов которая существует сейчас необходимо ещё вычислить все варианты перестановки 150000 генов а для этого необходимо вычислить факториал числа 150000 скажите пожалуйста современные вычислительные средства позволяют вычислить такой факториал или нет потому,что если не позволяют то расшифровка генома которая возможно произошла в 2000 году дезинформация.Всем заранее благодарен квадрат

[photon]

Посчитать не проблема. Только я, пожалуй, не буду приводить ответ - уж больно много страниц цифр будет

[квадрат]

спасибо за ответ

[квадрат]

но ведь только вычислить мало насколько я понимаю там получается астрономически многозначное число и ведь каждый вариант перестановки нужно тщательно изучить одним словом вы не считаете,что на такую расшифровку с тщательным изучением всех вариантов перестановки должно было уйти астрономическое время одним словом вам не кажется,что расшифровка генома как бы это выразиться помягче выдавание желаемого за действительное,если что извините за ошибку.

[Dan B-Yallay]

Квадрат

Вам не кажется, что под термином "расшифровка генома" в Биологии понимают не взлом секретного кода, а нечто иное? Почитайте матчасть и все "факториалы" встанут на место.

[квадрат]

я знаю что в биологии под расшифровкой генома понимается выявление последовательности нуклеатидов однако такая расшифровка мало что даёт для того чтобы действительно научиться манипулировать геномом необходимо вычислить все возможные последовательности нуклеатидов только это и может считаться расшифровкой а то что зделали в 2000 году является вычислением одной из возможных последовательностей нуклеатидов достижение безусловно важное однако незаслуженно сильно раздутое.с уважением квадрат.

[Dan B-Yallay]

ВСЕ возможные последовательности просто не смогут правильно упаковаться и намотаться на белковые стержни в комплекте с которыми образуются хромосомы. Хотя бы в силу разнной геометрической формы. Это ведь не просто ленточка со знаками A - T - G - C.
У ДНК вообще-то есть так называемая Первичная (та самая лента), Вторичная и даже Третичная формы. И геномы находящиеся на расстоянии 15000 белковых единиц "по ленте" на самом деле в живой клетке могут вплотную прилегать друг к другу и соответственно косвенно влиять.

Кроме того, клеточные механизмы деления ожидают встретить ген "цвета глаз" в определенном месте ДНК, и что получится если поставить на это место ген, отвечающий скажем за "ширину таза"?

Некоторая вариация наверное возможна, но конечно не факториал от 150 000.

Я вам рекомендую все-таки сначала обратиться к биологам за информацией. Чтобы предмет вам осветили более профессионально.

[квадрат]

А какие именно вариации возможны,то что это не факториал 150000 я уже понял,но пока не будут известны все вариации всё равно о расшифровке говорить мягко говоря преждевременно.С уважением к собеседнику и всем форумчанам квадрат.

[maxal]

"Все перестановки" генов никого не интересуют. Интересует сравнительный анализ геномов разных видов (например, для понимания как происходят эволюционные процессы), и геномов разных особей одного вида (например, больных со здоровыми для выяснения причин болезней на генном уровне).

Если вас эта тема интересует, то почитайте эти лекции, а также Биология в вопросах и ответах.

Кроме того могу порекомендовать книжку Дэн Гасфилд. "Строки, деревья и последовательности в алгоритмах. Информатика и вычислительная биология.", как про математические и алгоритмические проблемы в биологии.

[квадрат]

Всем привет,спасибо за инфу ознакомлюсь.Вопрос я понял что все варианты перестановки невозможны но даже те вариации,что возможны требуют тщательного изучения потому,что неизвестно какой вариант перестановки из возможных даст его обладателю преимущество над теми у кого такого генетического изменения нет следовательно всё равно вычисления предстоят грандиозные ведь нужно составить модели всех возможных генетических изменений и вычленить из них те изменения которые принесут их обладателям какие либо преимущества и только когда все варианты изменений изучены можно было-бы говорить о расшифровке генома а пока это всего лишь вычисление последовательности нуклеатидов чрезмерно раздутое с уважением квадрат

[Someone]

квадрат писал(а):

А какие именно вариации возможны,то что это не факториал 150000 я уже понял,но пока не будут известны все вариации всё равно о расшифровке говорить мягко говоря преждевременно.С уважением к собеседнику и всем форумчанам квадрат.

А зачем нужно знать все перестановки генов в геноме? Если Вы хотите понять какой-нибудь текст, Вы рассматриваете всевозможные перестановки слов в этом тексте? Или ограничиваетесь той единственной, которая Вам дана?

[Dan B-Yallay]

Квадрат

Ваши посты неизменно оставляют впечатление, что вы не разбираетесь и не хотите разобраться в предмете. Это само по себе не страшно, но ваши утверждения, что биологи чего-то там "раздули"...

У биологов есть собственная терминология, в соответствии с которой проделанная ими работа и называется "расшифровкой". То, что их терминология может не соответсвовать, скажем, понятиям из комбинаторики - то это не есть проблема биологии.

А вам для начала стоило бы хотя бы вскользь познакомится с такими вещами как "промоторный участок", "терминальный кодон" и "молчащий ген" чтобы не ляпать чего попало.

Всего нейлепшего.

[Yuri Gendelman]

2 квадрат
Геном - это сложнейшая молекула. Соответственно просто определить последовательность нуклеотидов в ней - это сложнейшая биохимическая и, между прочим, математическая проблема. Расшифровкой генома называют именно его прочтение, определение этой самой последовательности. Возможно, термин не очень удачен, но уж какой есть.
Сам генетический код известен с 50-х годов. За его дешифровку Уотсон и Крик получили Нобелевскую премию.
А Вашу идею о том, что генетики должны случайным образом переставлять нуклеотиды в геноме и смотреть, что из этого выйдет я лучше не буду комментировать.

[Dims]

А я не понял самой мысли: зачем подсчитывать все возможные комбинации?

[Chromocenter]

Во-первых откуда цифра 150000? Нет никакх ста пятидесяти тысяч генов в нашем геноме, не набёрётся и 50000, примерно - 25000 по последним данным. Да и можите пересанавливать эти гены в каком угодно порядке в большинстве случаев это ровным счтом ничего не даст, поскольку зачастую сидят ли гены в последовательности АБВ или БВА - это мало что меняет. есть правда, такая штука positional effect - это когда такие перестановки имеют значения для уровня эксперессия гена - то есть количеством белка, которое с него будет синтезированно, но никто не знает как именно работает, а во-вторых как правило такого эффекта не наблюдается. Расшифровать геном - это на первом этаме получить последовательность типа: AGGGCCTTTAGAGACCCTTTTT - и так далее - примерно три миллиарда символов для человека, а потом определить где среди этого всего находятся гена, которые отдельные участки всего этого, а затем копаться как один ген влияет на другой ген - но это уже не на урвне ДНК, а на уровне белков, которые с неё синзированы или РНК, которая посреднк между ДНк и белком.