Но неформализованную теорию множеств используют же.
Они используют неформальные математические рассуждения. Да, там есть множества, а ещё есть типы (они даже не пытаются доказывать

, если

и

— это гомоморфизмы между группами гомологий), арифметика, вещественные числа как первичная сущность и т.д. Причём они обычно работают не в категории всех топологических пространств, а в чём-то в духе

, категории клеточных пространств или вообще в категории симплициальных множеств. Вряд ли они часто задумываются над вопросами оснований.
Вы почему-то думаете, что если переписать всю математику на HoTT, то всё должно кардинально поменяться, включая математическую интуицию. А я думаю, что вообще почти ничего не изменится, только книги по основаниям математики надо переделать и раздуть в несколько раз. Причём ту же классическую логику придётся оставить (переписав теорию моделей на язык топосов), она нужна не только для оснований.
Во всяком случае, классический анализ, теория групп, комплексный анализ, комбинаторика, синтетическая геометрия и элементарная теория чисел были придуманы задолго до возникновения теории множеств.